Provavelmente dá pra fazer algo com o ffmpeg pra cortar um lado, talvez até tirar o efeito olho de peixe. Não vai ficar incrível porque você fica preso numa perspectiva fixa.
Se não der pra tirar o olho de peixe com o ffmpeg, dá pelo menos pra renderizar um lado e depois usar algum software de edição de vídeo pra reverter o olho de peixe, provavelmente.
Aqui tá o comando do ffmpeg:
ffmpeg -i input.mp4 -vf "stereo3d=sbsl:mr" -c:v libx264 -crf 18 -c:a copy output_right.mp4
Tem também outro comando que você pode tentar que só corta um lado e codifica com NVENC. Um pouco mais rápido, mas o resultado é um pouco pior.
ffmpeg -hwaccel cuda -hwaccel_output_format cuda -i input.mp4 -vf "hwdownload,format=nv12,crop=iw/2:ih:0:0" -c:v hevc_nvenc -preset p4 -c:a copy output_left_hevc.mp4